Glossary entry

English term or phrase:

High density gridded filters

Russian translation:

сетчатые фильтры высокой плотности (для гибридизационного скрининга)

Added to glossary by Ol_Besh
Jun 13, 2005 09:24
18 yrs ago
English term

High density gridded filters

English to Russian Science Genetics
High density gridded filters of a Pig BAC library provided by UK HGMP Resource Centre was hybridised with the human MUC4 probe.
Change log

Jun 13, 2005 09:35: Nik-On/Off changed "Level" from "Non-PRO" to "PRO"

Votes to reclassify question as PRO/non-PRO:

Non-PRO (1): Ann Nosova

When entering new questions, KudoZ askers are given an opportunity* to classify the difficulty of their questions as 'easy' or 'pro'. If you feel a question marked 'easy' should actually be marked 'pro', and if you have earned more than 20 KudoZ points, you can click the "Vote PRO" button to recommend that change.

How to tell the difference between "easy" and "pro" questions:

An easy question is one that any bilingual person would be able to answer correctly. (Or in the case of monolingual questions, an easy question is one that any native speaker of the language would be able to answer correctly.)

A pro question is anything else... in other words, any question that requires knowledge or skills that are specialized (even slightly).

Another way to think of the difficulty levels is this: an easy question is one that deals with everyday conversation. A pro question is anything else.

When deciding between easy and pro, err on the side of pro. Most questions will be pro.

* Note: non-member askers are not given the option of entering 'pro' questions; the only way for their questions to be classified as 'pro' is for a ProZ.com member or members to re-classify it.

Discussion

Natalie Jun 14, 2005:
"�������������� ����� ������ ���������", �� ������ � ���� ����� ���� �������� ������� ����������. ���������� �� ���������������� ���������. ��� ���� �����, ��������: http://bacpac.chori.org/highden.htm
Natalie Jun 14, 2005:
� ����� ������ ���� ��� ������ {Register now]. ������� �� � ������ �������� ��������.��������� � ��� ����� ���������, ���� � ������� username "Elena" - ���� �� ����� �����, ������ ����������� ����� ���-����� ������.� ����� ������� - �����
Non-ProZ.com (asker) Jun 14, 2005:
Elena �������� Natalie! �������� ��� ��������� ����������������, �� ����� �� �����,��� ��� ������ ��������. ����� � ��� �� ��������!
Natalie Jun 13, 2005:
�����, � ����� � ��� ����� �� ������ ����������������? �� ��� ����� �� �����.

Proposed translations

+1
6 mins
Selected

сетчатые фильтры высокой плотности

/

--------------------------------------------------
Note added at 16 mins (2005-06-13 09:41:07 GMT)
--------------------------------------------------

Прошу пардону:

РЕШЕТЧАТЫЕ фильтры высокой плотности

Финляндия. Лесмаш @ Polpred.com
Сплошные рубки осуществляются в лесах с высокой степенью созревания. ... а также
решетчатые фильтры для целлюлозной и бумажной промышленности. ...
www.finland.polpred.ru/1999/18.htm - 74k - 11 чер 2005 - Збережено на сервері - Подібні сторінки

Международный каталог ресурсов
... лесах с высокой степенью ... ДВП средней плотности,
древесно ... также решетчатые фильтры для ...
www.basdata.com/rus/fin/fin-rus22.20.htm - 47k - Додатковий здобуток - Збережено на сервері - Подібні сторінки


Peer comment(s):

agree Taranichev
31 mins
Спасибо!
neutral Natalie : ну, и как же это вяжется с геномными библиотеками?
11 hrs
Так для гибридизационного скрининга же. :)
Something went wrong...
4 KudoZ points awarded for this answer. Comment: "Спасибо!"
-1
16 mins

фильтры географической (координатной) привязки высокой плотности

не уверен, извините
Peer comment(s):

disagree Victor Sidelnikov : Здексь же все-таки генетика, мне лично непонятно, как использоать географическую привязку к хромосомам и прочим нуклеотидам
8 mins
Something went wrong...
-1
18 hrs

мембранные (пористые)фильтры высокой плотности

Обычно это нитроцеллюлозные или найлоновые фильтры.Нитроцеллюлозный фильтр * nitrocellulose filter - – нитроцеллюлозные нити в форме мембраны с порами определенного размера (0,45 mм). Подробно описан процесс:

http://biochemistry.vov.ru/nagl_bio/256.htm
В генной инженерии часто требуется выделить отдельный, пока еще не охарактеризованный фрагмент ДНК (DNA), например, с целью определения его полной нуклеотидной последовательности. Такая задача решается путем создании библиотек кДНК. Библиотека ДНК состоит из большого количества векторных молекул ДНК, содержащих различные фрагменты чужеродной ДНК. Например, возможно получить все молекулы мРНК клетки в виде фрагментов ДНК - кДНК (англ. complementary DNA, cDNA) — и произвольно внедрить эти копии в векторные молекулы. Библиотека генов может быть получена путем расщепления ДНК клетки на небольшие фрагменты рестриктазами (см. с. 254) и последующего встраивания этих фрагментов в векторную ДНК. В качестве векторов для получения библиотек ДНК используются бактериофаги (сокращенно: фаги). Фаги — это вирусы, которые инфицируют бактерии, где их геном реплицируется вместе с бактериальным геномом (см. с. 390). Библиотеки генов удобны тем, что в них легко вести поиск необходимых в данный момент фрагментов. Работу начинают с того, что небольшую порцию ДНК, составляющую библиотеку (105-106 фагов), разбавляют, смешивая с клетками бактерии-хозяина, и помещают на питательную среду. Бактерии определенное время растут, образуя на питательной среде плотный мутный слой клеток. При этом бактерии, зараженные фагом, растут медленнее, чем неинфицированные клетки. Это приводит к образованию прозрачных кольцевых зон, «бляшек». Клетки в «бляшке» содержат потомство фагов из первоначальной библиотеки. Образовавшиеся колонии переносят на нитроцеллюлозные или найлоновые фильтры, накладывая их на поверхность слоя в чашке, и слегка подогревают. Если теперь инкубировать фильтр с меченым олигонуклеотидным зондом, соответствующим нуклеотидной последовательности целевого фрагмента, произойдет гибридизация зонда с гомологичной последовательностью ДНК. Место связывания зонда можно определить по радиоактивной или иной метке. После этого выделяют фаг из положительных (несущих метку) бляшек и размножают обычным образом. Большие количества необходимого фрагмента получают с помощью расщепления ДНК рестриктазами.

http://www.medicreferat.com.ru/pageid-790-24.html
Скрининг библиотек проводят путем гибридизации на
фильтрах с олигонуклеотидными, кДНК-овыми или любыми иными
ДНК-зондами, а также с помощью антител, если библиотекасконструирована на основе экспрессионного вектора (рис.1.7).
Для этого химерные фаги, составляющие библиотеку, высевают
на плотно растущий в чашках Петри газон бактерий таким обра-
зом, чтобы образовались отдельные литические бляшки в ре-
зультате инфецирования клеток одним рекомбинантным фагом.
Все культуры дублируют путем отпечатка - реплики, на другие
чашки Петри. Затем на исходные культуры накладывают фильтры
и переносят на них растущие и лизированные колонии, проводят
их разрушение, фиксацию белков и ДНК на фильтре и блот гиб-
ридизацию с …..

http://www.hepatit.ru/dict/Gibr.htm
….учет результатов по интенсивности сигнала, поступающего от метки в составе комплекса. Чаще всего применяют т. н. точечную (dot-blot) гибридизацию на мембранных фильтрах.
http://www.genome.iastate.edu/newsletter/nl37.html
More new tools! A RPCI-44 Male Porcine BAC Library has been constructed by the BACPAC Resource Center in the Department of Cancer Genetics at Roswell Park Cancer Institute in Buffalo, New York, USA. Library construction was supported by a contract from the United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service, U.S. Meat Animal Research Center, Clay Center, NE. Blood from four male pigs (breed: 37.5% Yorkshire, 37.5% Landrace, and 25% Meishan) was pooled and genomic DNA was isolated from the white blood cells. The DNA (partially EcoRI digested) was size selected and cloned into the EcoRI sites of the pTARBAC2 vector. The average insert size is 165 kb and there is 10X coverage of the porcine genome. The library has been arrayed into 384- well microtiter plates and also gridded onto 22x22cm high-density nylon hybridization filters for screening by probe hybridization. Each hybridization membrane represents over 18,000 distinct porcine BAC clones, stamped in duplicate. As part of the Pig Genome Coordination effort, up to $650 will be supplied to US laboratories interested in obtaining the filter sets. This will pay for approximately 50% of the filters. Prior to taking advantage of this offer, please contact me at [email protected] to confirm availability of funds.
http://www.millipore.com/bibliography.nsf/docs/5KUSS9
Summary/Comments:
The development of chemiluminescent detection has provided a rapid, non-radioactive method for positional mapping to cDNA or genomic libraries gridded onto high-density filter arrays, or via Southern blotting, Northern blotting, plaque lifts, colony hybridizations and DNA sequencing. The following article decribes the protocol used to create a high-density filter array on a membrane followed by hybridization and non-radioactive detection/screening.

http://biobel.bas-net.by/script/lexicon/read_data.pl?type=al... на фильтре * filter hybridization - – экспозиция (выдержка) на фильтре ДНК, денатурированной (разъединенной) на одиночные нити и помещенной в раствор меченных радиоактивными метками РНК или ДНК. После промывания на фильтре остаются только гибридные двунитчатые молекулы ДНК/РНК или ДНК/ДНК (ср. Гибридизация жидкостная). Нитроцеллюлозный фильтр * nitrocellulose filter - – нитроцеллюлозные нити в форме мембраны с порами определенного размера (0,45 mм). Селективно (выборочно) улавливают двунитчатую ДНК или ДНК-РНК-гибриды и свободно пропускают однонитчатые молекулы. Однонитчатые ДНК и РНК также могут задерживаться Н.ф., если его проинкубировать при 80°С в течение 2 ч (спекание). Такие блоты (фильтры) используются в Нозерн- и Саузерн-блот экспериментах.

Вообще grid переводят чаще как *решетку*, в словаре генетических терминов приведено это значение для подготовительного этапа (напыления)при электронной микроскопии. Но по тексту подходит больше вариант таких фильтров, которые улавливают 2-нитчатые молекулы ДНК, пропуская однонитчатые.


--------------------------------------------------
Note added at 1 day 11 hrs 10 mins (2005-06-14 20:34:33 GMT)
--------------------------------------------------

Наталье- видит Бог, я не хотела тратить место для доказательств столь очевидных фактов. Но поскольку Вы настаиваете....
Из приведенной Вами в записке к Аскеру ссылки:

http://bacpac.chori.org/filters.htm
All of the RPCI and CHORI genomic DNA libraries have been gridded onto 22x22cm positively charged nylon filters for hybridization screening purposes. Each filter ( Schleicher & Schuell Membrane Nytran -M pore size 0.45 µm) contains 36,864 colonies which represents 18,432 independent clones that have been spotted in duplicate in a 4x4 clone array. Filter sets are available directly from BACPAC Resources, Children\'s Hospital Oakland Research Institute.
Filters should be hybridized with (32)P-labeled (random-primed) probes (1x106 cpm/ml hybridization solution) using standard conditions. After washing to remove unbound probe, filters are wrapped in plastic film (Saran) and exposed to x-ray film (Kodak Xar, Amersham Hyperfilm) for 2 to 24 hrs.
Как видим, это часть процесса- фильтры(нейлоновые) присутствуют, и даже размеры пор такие же самые. А потом- дело за зондами, но это \" в процессе\", так и описано в предложенном вопросе:*High density gridded filters was hybridised with the human MUC4 probe*. А вот описания процесса на русском языке ( курсив мой, чтобы не пропустить важные моменты):

http://www.vector-best.ru/nvb/st4_4.htm
А.Д. Аммосов, директор института средств медицинской диагностики ЗАО \"Вектор-Бест\"
Наряду с определением антигенных и серологических маркеров иммуноферментным анализом все шире используются генетические маркеры - специфические последовательности нуклеотидов вирусного генома, выявляемые зондовым анализом. Для проведения дот-зондового анализа, наиболее продвинутой в клиническую практику разновидности зондовой диагностики, ГИБРИДИЗАЦИЮ меченного зонда с пулом нуклеиновых кислот из анализируемой пробы проводят ПОСЛЕ предварительного концентрирования пробы иммобилизацией нуклеиновых кислот из образца на МЕМБРАННОМ фильтре. На следующей стадии комплекс нуклеиновых кислот с биотинилированным зондом связывают с конъюгатом стрептавидина со щелочной фосфатазой. Связавшийся конъюгат детектируют, используя в качестве ферментного субстрата смесь п-нитротетразолия синего с 5-бром-3-индолилфосфатом. При этом на мембранном фильтре образуется окрашенное цветное пятно осадка.

http://biobel.bas-net.by/script/lexicon/read_data.pl?
type=search&research
=%E4%EC%E9&leng=ru&promegutok=80
ДНК-фингерпринт * DNA fingerprint - - высокоспецифичные гибридизационные полосы на электрофореграммах (фингерпринт), образующиеся как результат полиморфизма длины рестрикционных фрагментов геномной ДНК ( ДНК-фингерпринтинг * DNA fingerprinting or DNA fingerprint technique - - метод (техника) создания фингерпринта (см. ДНК-фингерпринт), для чего геномная ДНК рестриктируется эндонуклеазами , образующиеся фрагменты разделяются при помощи гелевого электрофореза , переносятся на МЕМБРАНЫ (нитроцеллюлозные фильтры, см.) и ГИБРИДИЗУЮТСЯ с мечеными зондами для фингерпринта (ДНК фага М13, различные синтетические олигонуклеотиды, кДНК; геномные зонды, содержащие последовательности генов; мини- и микросателлиты ДНК). В случае наличия в исследуемой ДНК участков, гомологичных зондам, образуются полиморфные полосы гибридизации, как правило, специфичные для каждого образца ДНК. Поэтому метод может быть использован для генетической идентификации индивидуумов одного вида. Применяется при картировании геномов, выяснении отцовства, в криминалистике.
Очень подробное описание процесса получения генов из клонотек( библиотека генов, г. банк * gene library or g. bank - – коллекция произвольно клонированных фрагментов геномной ДНК организма ):
http://obi.img.ras.ru/humbio/genexp/000823db.htm
Методы получения из клонотек генов требуемых последовательностей нуклеотидов можно разделить на две группы. В первой группе методов рекомбинантные бактерии или фаговые частицы исследуют на наличие в них искомых последовательностей нуклеотидов. Во втором случае присутствие этих последовательностей обнаруживают косвенно, по появлению в бактериальных клетках или фаговых лизатах продуктов экспрессии искомых генов - РНК, белков или ферментативной активности.
Для выявления конкретных последовательностей нуклеотидов в клонотеках генов рекомбинантные бактерии или фаги рассевают на чашках Петри и образовавшиеся колонии или бляшки переносят на нитроцеллюлозные или нейлоновые фильтры. Для этого стерильные фильтры накладывают на поверхность чашек, в результате чего часть бактериальных клеток или фаговых частиц прочно связывается с поверхностью фильтров. Расположение их на фильтрах и поверхности чашек Петри точно совпадает. Бактериальные клетки или фаговые частицы, сорбированные на фильтрах, лизируют щелочью, что сопровождается одновременной денатурацией заключенной в них ДНК.
Освободившуюся ДНК фиксируют на фильтрах и гибридизуют с меченым олигонуклеотидным зондом, последовательность нуклеотидов которого точно соответствует последовательности нуклеотидов искомой ДНК. В результате гибридизации происходит специфическое прочное связывание зонда с идентичными и/или гомологичными последовательностями нуклеотидов в ДНК, содержащейся в отдельных бактериальных колониях или бляшках.
После отмывки фильтров от несвязавшегося радиоактивного зонда их высушивают и прикладывают к рентгеновской пленке. Образование специфических гибридов обнаруживают после проявления рентгеновской пленки по появлению на ней четких гибридизационных сигналов в виде темных пятен, положение которых точно соответствует положению определенных колоний или бляшек на исходной чашке Петри.
Вот что такое гибридизационный зонд ( который Вы считаете фильтром):

http://www.biometrica.tomsk.ru/ftp/dict/gepatit/Gibzond.htm
ГИБРИДИЗАЦИОННЫЕ ЗОНДЫ (cDNA probes) - генно-инженерные или синтетические молекулярные структуры, содержащие в себе нуклеотидные последовательности, комплементарные к известным участкам специфических, в том числе вирусных, нуклеиновых кислот; используются в диагностических целях для постановки кДНК-гибридизации. Для выявления гибридизации, т. е. соединения с искомой нуклеиновой кислотой, гибридизационные зонды несут какую-либо метку, выявляемую лабораторными приборами, чаще всего такой меткой служит радиоактивный изотоп.
А библиотека- это всего лишь:
http://medic.ibmh.msk.su/bioinformatics/glossary.htm
Library:A collection of expressed genes from a specific tissue sample, and their annotations.
Определение того, что Вы называете \"гибридизационным скринингом\":
http://biobel.bas-net.by/script/lexicon/read_data.pl?type=se...
Экспрессии скрининг * expression screening - - процедура идентификации специфических клонов в кДНК-библиотеке с использованием специфических антител. Для этого вначале кДНК-библиотека переносится на экспрессионный вектор (напр., lgt II), позволяющий экспрессировать любую инсерцированную кДНК, затем высевается на чашки. В процессе роста кДНК экспрессируется, и в среде накапливается соответствующий белковый продукт, который переносится на мембранный фильтр (нитроцеллюлозный) и тестируется антителами.

А вот гибридизационный анализ:
http://medbiocomp.com/stemcells/part1c.html
С помощью генетического картирования удалось локализовать специальную группу генов на дистальном плече 21-й хромосомы, которые ответственны за характерные аномалии постнатального развития мозга при болезни Дауна (лишней 21-й хромосоме). Гибридизационный анализ показал, что один из важных генов этой группы является гомологом гена sim дрозофилы, который ответствен за развитие головы мушки [25].

Уже который раз я предполагаю, что Ваши комментарии направлены на оживление дискуссии ( в качестве модератора сайта). Не может быть, чтобы Вы всерьез путали понятия *фильтра* и *зонда*...
Peer comment(s):

disagree Natalie : Это вообще не фильтры для просеивания чего-либо (тем более"улавливания 2-нитчатых ДНК и пропускания 1-нитчатых").Это "гибридизационный фильтр", на который в виде сетки нанесена геномная библиотека.Это разновидность зонда,описанного в одной из ваших цитат)
5 hrs
Спасибо, посмотрите дополнение, пожалуйста
Something went wrong...
Term search
  • All of ProZ.com
  • Term search
  • Jobs
  • Forums
  • Multiple search